La imagen del técnico de Rayados agrediendo al volante de Tigres, Rafael Carioca, en el Clásico Regio, sólo recuerda uno más de los incidentes del veterano técnico al que parece la presión de no poder entregar los resultados esperados, lo está superando.
Lesionó a uno de sus jugadores
En el invierno del 2001, dirigiendo al Pachuca, Aguirre ordenó que uno de sus futbolistas se hiciera el lesionado para acabar el partido contra Puebla. El juego estaba 4-1 a favor de La Franja y los Tuzos habían sufrido cuatro expulsiones y para terminar con la masacre, el Vasco ordenó que un novato se hiciera el lesionado para acabar con el juego.
Agrede a un jugador de Panamá
En su segundo periodo como técnico de la Selección Mexicana, Aguirre perdió la cabeza en un juego de la Copa Oro 2009 contra Panamá. Esa vez agredió al jugador Ricardo Phillips, cuando este corría por la banda. El suceso le costó una fuerte multa y varios juegos de suspensión.
Conferencia en el Mundial
Un día antes de enfrentar a Argentina en los Octavos de Final del Mundial de Sudáfrica 2010, Aguirre salió en conferencia de prensa en modo derrotista, haciendo berrinche porque los pronósticos estaban en su contra. El no querer levantarse su gorra para contestar a la cámara, ya es un clásico.
Escándalo de corrupción
Javier Aguirre se fue a dirigir al Zaragoza en el 2011, salvando al equipo del descenso. Años después salió a la luz un supuesto acto de soborno: directivos de los maños habían sobornado a jugadores de Levante para dejarse perder el duelo directo. Aunque el Vasco estuvo involucrado directamente al habérsele depositado parte de ese dinero, al final fue exonerado.
